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完成ABI 7500實時熒光定量PCR(qPCR)實驗后,下一步的關(guān)鍵步驟包括數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗證和實驗記錄整理。以下是詳細(xì)的后續(xù)操作指南:
一、ABI 7500數(shù)據(jù)分析
ABI 7500軟件會自動生成擴增曲線、熔解曲線(SYBR Green法)和Ct值等數(shù)據(jù),需進(jìn)行以下分析:
1、擴增曲線檢查:確保所有樣本的擴增曲線呈典型的S形,指數(shù)期明顯,平臺期穩(wěn)定。異常的擴增曲線(如無擴增、非特異性擴增)需排查原因。
2、熔解曲線分析(SYBR Green法):單一尖銳峰表明特異性擴增,多峰或?qū)挿蹇赡芴崾疽锒垠w或非特異性產(chǎn)物。
3、Ct值提取:用于定量分析,軟件可自動計算,但需手動調(diào)整閾值(通常設(shè)在指數(shù)擴增期)以提高準(zhǔn)確性。
標(biāo)準(zhǔn)曲線評估(絕對定量):檢查擴增效率(90%-110%)、R2值(≥0.98)及線性范圍。
二、結(jié)果驗證
1、重復(fù)實驗:若個別樣本數(shù)據(jù)異常(如Ct值偏差大),需重復(fù)實驗。建議整板重做以確保可比性,避免僅重做部分孔導(dǎo)致批次誤差。
2、陰性/陽性對照確認(rèn):確保陰性對照無擴增,陽性對照Ct值在預(yù)期范圍內(nèi)。
3、引物優(yōu)化:若熔解曲線異常(如黃三角警告),可能需重新設(shè)計引物或優(yōu)化退火溫度。
三、數(shù)據(jù)導(dǎo)出與報告生成
1、導(dǎo)出數(shù)據(jù):軟件支持導(dǎo)出Ct值、熒光數(shù)據(jù)等,格式可為Excel或文本文件。
2、相對定量計算(如2?ΔΔCt法):需內(nèi)參基因校正,確保樣本間歸一化。
3、結(jié)果可視化:繪制柱狀圖、熱圖等展示基因表達(dá)差異或病原體載量。
四、實驗記錄與儀器維護(hù)
1、記錄實驗參數(shù):包括程序設(shè)置、試劑批次、樣本信息等,便于追溯。
2、儀器維護(hù):清潔樣品槽,檢查光源壽命(鹵鎢燈約2000小時),定期校準(zhǔn)。
3、數(shù)據(jù)備份:建議使用光盤或加密存儲,避免U盤直接拷貝(部分實驗室規(guī)定)。
五、常見問題處理:
1、蒸發(fā)問題:更換高質(zhì)量PCR管或增大反應(yīng)體系(如30 μL)。
2、氣泡干擾:上機前瞬離心去除。